L'essentiel
Il faut 12 mois d'affiliation. Rien n'est versé les 3 premiers jours. L'indemnité vaut 1/730e de votre revenu moyen des 3 dernières années civiles, ce revenu étant votre chiffre d'affaires moins l'abattement (71 %, 50 % ou 34 % selon l'activité). Maximum : 65,84 € bruts par jour en 2026. Si votre revenu moyen est inférieur à 4 582 €, vous ne touchez rien. Pour maintenir votre niveau de vie, seule une prévoyance individuelle complète ce montant.
Qui a droit aux indemnités journalières en micro-entreprise ?
Vous êtes indemnisé par votre caisse d'Assurance maladie si vous remplissez quatre conditions (source : ameli.fr, indemnités de l'artisan-commerçant, mise à jour du 1er septembre 2026) :
- →12 mois d'affiliation continue comme indépendant : pendant votre première année d'activité, aucune indemnité n'est due.
- →Un arrêt prescrit par un médecin, transmis à votre caisse sous 48 heures. Depuis le 1er juillet 2025, un arrêt papier doit être établi sur le formulaire sécurisé : scans et photocopies sont refusés.
- →L'arrêt total de votre activité : pas de facturation, pas de rendez-vous clients pendant l'arrêt, sauf autorisation du médecin.
- →Des déclarations de chiffre d'affaires à jour : c'est l'Urssaf qui transmet vos revenus à l'Assurance maladie.
Un arrêt prescrit en téléconsultation est limité à 3 jours, sauf exceptions (par exemple s'il vient de votre médecin traitant). Source : ameli.fr, démarches du travailleur indépendant, mise à jour du 6 janvier 2026.
Comment est calculée l'indemnité d'un auto-entrepreneur ?
Le calcul se fait en trois étapes :
- →Le revenu retenu : votre chiffre d'affaires de chaque année, diminué de l'abattement forfaitaire : 71 % pour la vente de marchandises, 50 % pour les prestations commerciales ou artisanales, 34 % pour les activités libérales.
- →La moyenne : on fait la moyenne de ce revenu sur les 3 années civiles qui précèdent l'arrêt. Une année faible tire donc l'indemnité vers le bas pendant trois ans.
- →L'indemnité par jour : cette moyenne divisée par 730, dans la limite de 48 060 € de revenu (le plafond de la Sécurité sociale 2026), soit 65,84 € bruts par jour au maximum.
Le seuil à connaître : pour un arrêt qui commence en 2026, si votre revenu moyen est inférieur à 4 582 €, l'indemnité est de zéro. En vente de marchandises, cela correspond à un chiffre d'affaires d'environ 15 800 € par an. Source : ameli.fr, indemnités de l'artisan-commerçant, mise à jour du 1er septembre 2026.
Exemples pour un même chiffre d'affaires trois années de suite
| Chiffre d'affaires annuel (identique 3 ans) | Vente de marchandises (abattement 71 %) | Prestations commerciales ou artisanales (50 %) | Libéral (34 %) |
|---|---|---|---|
| 15 000 € | 0 € (revenu retenu 4 350 €, sous le seuil) | 10,27 € / jour | 13,56 € / jour |
| 30 000 € | 11,92 € / jour | 20,55 € / jour | 27,12 € / jour |
| 50 000 € | 19,86 € / jour | 34,25 € / jour | 45,21 € / jour |
| 70 000 € | 27,81 € / jour | 47,95 € / jour | 63,29 € / jour |
Calcul WealthWise Conseil à partir des règles publiées sur ameli.fr (1/730e du revenu moyen, abattements 71 / 50 / 34 %, seuil de 4 582 €, plafond de 65,84 €). Montants bruts. Pour un arrêt de 30 jours, seuls 27 jours sont payés à cause des 3 jours de carence.
⚠️ Un exemple concret
Un consultant en prestations de services qui facture 50 000 € par an touche 34,25 € par jour, soit environ 925 € pour un mois d'arrêt (27 jours indemnisés). Ses charges réelles, son loyer et ses crédits, eux, continuent de tomber.
Professions libérales en micro-entreprise : deux régimes différents
Tout dépend de votre caisse de retraite. Si vous exercez une profession libérale non réglementée (consultant, formateur, graphiste, développeur…), vous relevez depuis 2018-2019 des mêmes règles que les artisans et commerçants : celles décrites plus haut. Si vous exercez une profession libérale réglementée, vous relevez du régime des professions libérales : même calcul au 1/730e, même carence de 3 jours, mais l'indemnisation ne peut pas dépasser 90 jours au total. Source : ameli.fr, indemnités du professionnel libéral, mise à jour du 1er septembre 2026.
| Artisan, commerçant, libéral non réglementé | Libéral réglementé | |
|---|---|---|
| Ancienneté exigée | 12 mois d'affiliation | 12 mois d'affiliation |
| Carence | 3 jours | 3 jours |
| Calcul | 1/730e du revenu moyen sur 3 ans | 1/730e du revenu moyen sur 3 ans |
| Maximum par jour (2026) | 65,84 € bruts | 197,51 € bruts (inatteignable en micro-entreprise) |
| Durée d'indemnisation | 360 jours sur 3 ans (3 ans par affection de longue durée)* | 90 jours au maximum |
* Durée indiquée par Previssima, mise à jour du 18 mars 2026 ; à confirmer auprès de votre caisse pour un arrêt long.
Ce que l'Assurance maladie ne couvre pas
- →Les 3 premiers jours de chaque arrêt (sauf cas particuliers, comme une prolongation après une reprise de moins de 48 heures).
- →Votre première année d'activité, faute d'affiliation suffisante.
- →L'écart entre votre chiffre d'affaires et le revenu retenu : avec 50 % d'abattement, vous êtes indemnisé sur la moitié de ce que vous facturez.
- →Vos frais fixes : loyer professionnel, abonnements, remboursements de prêt.
- →Au-delà de 90 jours pour les libéraux réglementés.
Comment compléter : la prévoyance de l'auto-entrepreneur
Une prévoyance individuelle verse une indemnité journalière qui s'ajoute à celle de l'Assurance maladie, et le plus souvent une rente en cas d'invalidité et un capital en cas de décès. Les points à regarder avant de signer :
- →Le montant garanti : il est fixé sur vos revenus déclarés. Un assureur ne vous indemnisera pas au-delà de ce que vous gagnez réellement.
- →Le délai de franchise : 3, 15, 30 ou 90 jours. Plus il est court, plus la cotisation est élevée. Avec un peu de trésorerie, une franchise de 15 ou 30 jours est souvent un bon compromis.
- →Le mode d'indemnisation : forfaitaire (montant fixe quel que soit votre revenu pendant l'arrêt) ou indemnitaire (complément jusqu'à votre perte réelle). Le forfaitaire est plus simple à faire jouer pour un indépendant.
- →Les exclusions : maux de dos et troubles psychiques sont souvent exclus ou couverts seulement après hospitalisation. C'est la cause la plus fréquente de refus.
- →La définition de l'invalidité : invalidité dans votre métier ou dans toute profession. La première protège beaucoup mieux.
Côté impôts, attention : en micro-entreprise, vous ne déduisez aucune charge pour son montant réel, l'abattement forfaitaire en tient lieu (impots.gouv.fr, « Je suis micro-entrepreneur, puis-je déduire des charges ? », modifié le 16 juin 2026). La cotisation de prévoyance n'est donc pas déductible de vos revenus, contrairement à un indépendant imposé au réel, qui peut utiliser le dispositif Madelin.
✓ L'avis du courtier
La plupart des auto-entrepreneurs découvrent le montant de leurs indemnités le jour où ils tombent malades. Avant de choisir un contrat, faites le calcul avec vos trois dernières années de chiffre d'affaires : s'il donne moins de 30 € par jour, une prévoyance est indispensable dès que vous vivez de votre activité. Préférez une garantie forfaitaire, une franchise adaptée à votre trésorerie, et vérifiez noir sur blanc la couverture du dos et des troubles psychiques. — Nicolas Ferran
Pour aller plus loin
- →Prévoyance des indépendants : ce que vous perdez vraiment en arrêt maladie
- →Mutuelle des indépendants : comment bien se couvrir
- →Déduction Madelin : plafonds et conditions (si vous passez au régime réel)
- →Protection du dirigeant : santé, prévoyance, retraite
Audit gratuit de votre protection
Envoyez-nous vos trois derniers chiffres d'affaires : nous calculons ce que l'Assurance maladie vous verserait et ce qu'une prévoyance coûterait pour combler l'écart. Demander mon audit ou appelez le 01 87 66 70 31.
Sources : ameli.fr, indemnités de l'artisan-commerçant, mise à jour du 1er septembre 2026 · ameli.fr, indemnités du professionnel libéral, mise à jour du 1er septembre 2026 · ameli.fr, démarches du travailleur indépendant, mise à jour du 6 janvier 2026 · impots.gouv.fr, « Je suis micro-entrepreneur, puis-je déduire des charges ? », modifié le 16 juin 2026 · Previssima, mise à jour du 18 mars 2026. Montants valables pour les arrêts débutant en 2026.
Questions fréquentes
Un auto-entrepreneur a-t-il droit aux indemnités journalières en arrêt maladie ?
Oui, après 12 mois d'affiliation continue comme indépendant et à condition d'arrêter totalement son activité. L'indemnité est versée à partir du 4e jour d'arrêt.
Combien touche un auto-entrepreneur en arrêt maladie en 2026 ?
1/730e de son revenu moyen des 3 dernières années civiles, ce revenu étant le chiffre d'affaires moins l'abattement (71 %, 50 % ou 34 %). Le maximum est de 65,84 € bruts par jour en 2026. Avec 30 000 € de chiffre d'affaires en prestations de services, cela donne environ 20,55 € par jour.
Pourquoi un auto-entrepreneur peut-il ne rien toucher en arrêt maladie ?
Si son revenu moyen sur 3 ans, après abattement, est inférieur à 4 582 € pour un arrêt débutant en 2026, l'indemnité est nulle. C'est aussi le cas pendant la première année d'activité.
La prévoyance d'un auto-entrepreneur est-elle déductible des impôts ?
Non. En micro-entreprise, l'abattement forfaitaire remplace la déduction des charges réelles : la cotisation de prévoyance n'est pas déductible. Le dispositif Madelin concerne les indépendants imposés au régime réel.
Peut-on travailler pendant un arrêt maladie en micro-entreprise ?
Non, sauf autorisation du médecin. Exercer une activité non autorisée peut réduire ou supprimer les indemnités, et la caisse peut contrôler votre présence à domicile.
Article d'information générale rédigé par Nicolas Ferran, courtier en assurances (ORIAS n° 24000251). Les règles applicables dépendent de votre convention collective, de vos contrats et de votre situation : faites-les vérifier avant toute décision.
