Salarié en arrêt maladie : faut-il continuer à payer sa mutuelle d'entreprise ?

L'essentiel

Si l'arrêt est indemnisé par l'employeur (maintien de salaire, ou indemnités complémentaires d'une prévoyance que l'entreprise finance), la mutuelle et la prévoyance doivent être maintenues, et l'employeur continue de payer sa part.
Si l'absence n'est pas indemnisée (congé parental, congé sans solde), le maintien est facultatif, sauf si votre convention collective l'impose.
Le risque : oublier le maintien quand il est obligatoire peut faire perdre les exonérations de charges sur toute la mutuelle de l'entreprise lors d'un contrôle Urssaf.

La règle : tout dépend de l'indemnisation

Le contrat de travail d'un salarié en arrêt maladie est suspendu : il ne travaille plus, mais il reste salarié. Pour que la part employeur de la mutuelle et de la prévoyance reste exonérée de cotisations sociales, l'administration exige que les garanties soient maintenues pendant toutes les périodes où le salarié reçoit une indemnisation de l'entreprise. Cette règle vient d'une instruction de la Direction de la sécurité sociale du 17 juin 2021, qui a élargi l'obligation à l'activité partielle et à tous les revenus de remplacement versés par l'employeur (LégiSocial, instruction interministérielle DSS/3C/5B/2021/127 du 17 juin 2021, 22/07/2021 ; AG2R La Mondiale, « L'impact de la suspension du contrat de travail », consulté le 21/10/2026).

Sont concernés les salariés qui perçoivent :

→un maintien de salaire, total ou partiel, payé par l'employeur ;
→des indemnités journalières complémentaires (celles de la prévoyance), financées au moins en partie par l'employeur ;
→un revenu de remplacement versé par l'employeur : indemnité d'activité partielle, congé de reclassement ou de mobilité.

Le maintien couvre la mutuelle santé et la prévoyance (arrêt de travail, invalidité, décès), pour le salarié et, le cas échéant, sa famille couverte par le contrat (In Extenso, mis à jour le 25/11/2024).

Situation par situation

Situation du salarié	Maintenir la mutuelle et la prévoyance ?	Ce qui se passe pour la cotisation
Arrêt maladie ou accident avec maintien de salaire par l'employeur (total ou partiel)	Oui, obligatoire	La part employeur continue ; la part salariale est retenue sur les sommes versées
Arrêt maladie ou accident avec indemnités complémentaires de la prévoyance, financée au moins en partie par l'employeur	Oui, obligatoire	Idem ; certains contrats prévoient une exonération de cotisation pendant l'indemnisation
Arrêt maladie indemnisé uniquement par la Sécurité sociale (ni maintien de salaire, ni prévoyance financée par l'employeur)	Facultatif, selon votre acte de mise en place et votre contrat	Si vous maintenez, prévoyez par écrit qui paie la part salariale
Congé maternité, paternité ou adoption avec maintien de salaire	Oui, obligatoire	Comme pour l'arrêt maladie indemnisé
Activité partielle (chômage partiel), congé de reclassement ou de mobilité rémunéré	Oui, obligatoire	Part employeur maintenue, calculée sur l'indemnité versée
Congé parental, congé sans solde, congé sabbatique, congé pour création d'entreprise	Facultatif (sauf si votre convention collective l'impose)	Pas de salaire : le salarié paie souvent lui-même s'il veut rester couvert
Congé supplémentaire de naissance (depuis le 1er juillet 2026) sans maintien de salaire	Facultatif selon les premières analyses	À prévoir expressément dans l'acte si vous choisissez de maintenir

Sources : LégiSocial, instruction interministérielle DSS/3C/5B/2021/127 du 17 juin 2021, 22/07/2021 · AG2R La Mondiale, « L'impact de la suspension du contrat de travail », consulté le 21/10/2026 · In Extenso, mis à jour le 25/11/2024 · Capstan Avocats, 04/08/2026. Votre acte de mise en place, votre contrat d'assurance ou votre convention collective peuvent prévoir mieux : c'est alors la règle la plus favorable qui s'applique.

Bon à savoir sur le maintien de salaire

Le complément de salaire légal de l'employeur n'est dû qu'aux salariés ayant au moins un an d'ancienneté, après un délai de carence de 7 jours (sauf accident du travail ou maladie professionnelle). Les indemnités de la Sécurité sociale démarrent, elles, après 3 jours de carence (Service-public.fr, arrêt maladie, vérifié le 01/06/2026). Votre convention collective peut prévoir mieux. Le calcul détaillé est dans notre guide arrêt maladie et maintien de salaire.

Qui paie la cotisation pendant l'arrêt ?

→La part employeur continue d'être payée, selon les mêmes règles que pour les autres salariés de la même catégorie.
→La part salariale reste due par le salarié : elle est retenue sur le maintien de salaire ou sur les indemnités complémentaires que l'employeur reverse.
→Une prise en charge plus favorable est possible : l'employeur peut payer toute la cotisation des salariés en arrêt, ou le contrat peut prévoir une exonération de cotisation pendant l'indemnisation. Cela ne remet pas en cause le caractère collectif du régime.
→Pour une cotisation en pourcentage du salaire, elle se calcule par défaut sur l'indemnisation versée pendant l'arrêt. L'acte de mise en place peut prévoir de garder le salaire d'avant l'arrêt, ou la moyenne des 12 derniers mois.

Sources : AG2R La Mondiale, « L'impact de la suspension du contrat de travail », consulté le 21/10/2026 ; In Extenso, mis à jour le 25/11/2024.

Et la prévoyance en cas de changement d'assureur ?

Si vous changez de contrat de prévoyance pendant l'arrêt d'un salarié, les indemnités déjà en cours continuent d'être versées par l'ancien assureur (article 7 de la loi n° 89-1009 du 31 décembre 1989 (Légifrance)). La garantie décès d'un salarié en arrêt de travail ou en invalidité doit aussi être maintenue (article 7-1 de la même loi (Légifrance)). En pratique, la revalorisation de ces indemnités après le changement est souvent le point faible : à négocier avec le nouvel assureur avant de signer. Voir notre guide changer de mutuelle ou de prévoyance collective.

Le risque en cas de contrôle Urssaf

Si les garanties ne sont pas maintenues alors qu'elles devaient l'être, l'Urssaf peut considérer que votre régime n'est plus « collectif et obligatoire ». Conséquence : la part employeur de la mutuelle et de la prévoyance peut être soumise aux cotisations sociales, pour l'ensemble des salariés et non seulement pour le salarié en arrêt (Medef, 22/08/2022). Les délais de mise en conformité des actes de mise en place sont aujourd'hui tous dépassés. Pour préparer un contrôle, voir anticiper un contrôle Urssaf sur la mutuelle et la prévoyance et les causes de redressement les plus fréquentes.

Ce que l'employeur doit vérifier

→Relisez votre acte de mise en place (décision unilatérale, accord) : il doit contenir une clause de maintien des garanties pendant les arrêts indemnisés. Une simple mise à jour du contrat d'assurance ne suffit pas.
→Vérifiez votre convention collective : certaines branches imposent le maintien dans des cas où la loi ne l'exige pas, par exemple le congé parental.
→Paramétrez la paie : la part employeur continue d'être versée et la part salariale est retenue sur le maintien de salaire ou les indemnités complémentaires que vous reversez.
→Pour un congé non payé : informez le salarié par écrit, avant son départ, que ses garanties seront suspendues ou maintenues, et à quelles conditions.
→Conservez les preuves : bulletins de paie, attestations de l'organisme, courriers au salarié. C'est ce que demandera l'Urssaf en cas de contrôle.

L'avis du courtier — Nicolas Ferran

Le sujet paraît technique, mais il revient dans presque tous les audits de PME que nous faisons : le contrat d'assurance a été mis à jour, l'acte de mise en place, lui, ne l'a pas été. C'est pourtant ce document que l'Urssaf lit en premier. Mon conseil : profitez de l'échéance du 1er janvier pour relire votre décision unilatérale ou votre accord, et pour écrire noir sur blanc ce qui se passe pendant les congés non payés. Vos salariés en congé parental vous en remercieront, et votre gestionnaire de paie aussi.

Pour aller plus loin

Audit gratuit de votre acte de mise en place

Envoyez-nous votre décision unilatérale (ou votre accord) et vos contrats : nous vérifions la clause de maintien, la conformité à votre convention collective et les points qui exposent à un redressement, sous 48 h. Demander mon audit ou appelez le 01 87 66 70 31.

Sources : LégiSocial, instruction interministérielle DSS/3C/5B/2021/127 du 17 juin 2021, 22/07/2021 · AG2R La Mondiale, « L'impact de la suspension du contrat de travail », consulté le 21/10/2026 · In Extenso, mis à jour le 25/11/2024 · Medef, 22/08/2022 · Service-public.fr, arrêt maladie, vérifié le 01/06/2026 · Capstan Avocats, 04/08/2026 · Éditions Tissot, 24/02/2026 · article 7 de la loi n° 89-1009 du 31 décembre 1989 (Légifrance) · article 7-1 de la même loi (Légifrance). Cet article présente des règles générales : votre convention collective, votre acte de mise en place et votre contrat peuvent prévoir des conditions plus favorables.

Questions fréquentes

L'employeur doit-il payer la mutuelle d'un salarié en arrêt maladie ?

Oui, quand l'arrêt est indemnisé par l'entreprise : maintien de salaire, ou indemnités complémentaires d'une prévoyance financée en partie par l'employeur. Les garanties doivent alors être maintenues et l'employeur continue de payer sa part. Sans aucune indemnisation de l'entreprise, le maintien est facultatif, sauf disposition plus favorable de la convention collective ou du contrat.

Le salarié en arrêt maladie doit-il continuer à payer sa part de mutuelle ?

Oui, en principe : sa part est retenue sur le maintien de salaire ou les indemnités complémentaires reversées par l'employeur. L'employeur peut décider de la prendre en charge, et certains contrats prévoient une exonération de cotisation pendant l'indemnisation.

La mutuelle d'entreprise est-elle maintenue pendant un congé parental ?

Ce n'est pas obligatoire selon les règles de l'Urssaf, car le congé parental n'est pas payé par l'employeur. Certaines conventions collectives l'imposent néanmoins. À défaut, le salarié peut souvent rester couvert en payant lui-même la cotisation, si l'acte de mise en place ou le contrat le prévoit.

Et pendant le chômage partiel ?

Les garanties de mutuelle et de prévoyance doivent être maintenues pendant l'activité partielle, y compris de longue durée, car le salarié reçoit une indemnité versée par l'employeur. La cotisation se calcule alors en principe sur cette indemnité.

Que risque l'employeur s'il arrête la mutuelle d'un salarié en arrêt ?

Si le maintien était obligatoire, l'Urssaf peut remettre en cause le caractère collectif du régime et soumettre aux cotisations sociales la part employeur de la mutuelle et de la prévoyance de tous les salariés.

Article d'information générale rédigé par Nicolas Ferran, courtier en assurances (ORIAS n° 24000251). Les règles applicables dépendent de votre convention collective, de vos contrats et de votre situation : faites-les vérifier avant toute décision.